高中生侦探——工藤新一。虽然只有17岁，但凭借着来自著名侦探小说家的父亲的优良遗传基因（又是一个优生学的拥护者），以高超的推理能力破获了不少令警察们束手无策的悬案，成为了名噪一时的名侦探（日语即大侦探的意思！）。
然而命运之神却跟他开了个大玩笑，在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一无意间看到两个黑衣人进行非法交易， 因为看的太入神被另一个黑衣从后面击昏。黑衣人乘机给他喂下犯罪组织新研出来的毒药。
结果新一虽然幸运的没有死，可是当他醒过来的时候居然变成了5岁小孩的模样。 如果让黑社会组织知道新一还活着，就又会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。
这时小兰来博士家找新一，在她的追问下新一急中生智脱口而出，谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，柯南这两个字取自新一最崇拜的大侦探“福尔摩斯”之父——柯南道尔，而江户川则源自日本著名的侦探小说家江户川乱步。
在博士的帮助下成功的瞒过了小兰，为了搜集黑暗组织的情报，新一寄宿到小兰家——毛利侦探事务所。谁知小兰的父亲毛利小五郎只是个三流的糊涂侦探（此人绝对够资格被评为世上最无能和最自大的糊涂侦探！），所以遇到棘手的案件柯南就自己来侦破，再利用阿笠博士的发明让人以为是毛利小五郎的功绩，从而开始了一个“史上最年轻的名侦探”的精彩探案历程。
结果小五郎一举成为名侦探，并被称为“沉睡的小五郎”！！柯南成了小学生以后，被迫和几个小孩子组成了“少年侦探团”。
之后在调查案件的过程当中柯南虽然有再次遇到过喂他吃下毒药的黑衣男子，也曾经短时间地变回原状，可是始终无法完全恢复原来的身体。不过又想想，也许我们的快乐正是建筑在柯南的痛苦之上呢，柯南一定是很想以新一的身份和小兰在一起的，就不知道这个梦想何时才能园了，大概只要有我们这些柯南迷的存在，还没赚个够本的青山大人就永远不会大发慈悲放过这位永不休假的名侦探了吧!
