A.D.207X，载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(Macross 11)，航行中。Frontier船团的Top Idol, Sheryl Nome（シェリル·ノーム）备受欢迎，Ranka Lee在去音乐会途中邂逅作为飞行员养成生的Alto（早乙女アルト）。三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！
